Fethiye Körfezi’nin alüvyon ve çeşitli atıklarla dolarak dip çamurunun oluşması, çeşitli etmenlerle deniz suyunun kirliliği, denizdeki fosfor ve azot oranının artması ve suyun renginin değişmesi gibi durumlar ilçemizin en önemli sorunlarından bir tanesi haline geldi 

Fethiye Körfezi üzerine yapılmış bilimsel çalışmalar, ilgili devlet kurumları ve sivil toplum kuruluşlarının raporları gözden geçirildiğinde, bahsi geçen iskele projesinin inşaat alanının pek çok ekolojik sorunu hem yapım aşamasında hem de sonrasında getireceği görülmektedir. Konu hakkında yapılmış çalışmalar incelendiğinde, Fethiye Körfezi’nin pek çok nesli tehlike altında olan türe ev sahipliği yapmasının yanı sıra, körfezin doğal bir parçası olan “Çalış Kuş Cenneti”’nin de yapılacak olan yat yanaşma iskelesinin arttıracağı insan kaynaklı baskı sonucu olumsuz yönde etkileneceği açıktır.